Popolata dai piceni e, dal IV secolo a.C., dai galli senoni, divenne in epoca romana un’importante stazione di posta lungo la via Flaminia.
Dopo la caduta dell’impero romano fu inclusa dai bizantini nella cosiddetta Pentapoli montana, costituita da Cagli, Fossombrone, Gubbio, Jesi e Urbino; subì gravi devastazioni durante la guerra greco-gotica (535-553) nonché l’invasione dei longobardi e la conquista dei franchi; nel 754 fu donata formalmente da Pipino il Breve al Patrimonio di San Pietro, cui fu riconfermata vent’anni dopo da Carlo Magno.
Durante il Medioevo, tra alterne vicende, fu governata dai Montefeltro, signori di Urbino, fino alla devoluzione del ducato al papa per diritto feudale, in seguito all’estinzione del casato. Invasa dai francesi sullo scorcio del XVIII secolo, tornò allo Stato della Chiesa fino al 1860, quando l’intera regione votò l’annessione al Piemonte.
Il toponimo deriva probabilmente dal latino AQUA LANEA, ‘acqua della battaglia’, in ricordo di uno scontro verificatosi tra goti e bizantini nei pressi dell’abitato.
Il fulcro del patrimonio artistico è rappresentato, oltre che dalla zona archeologica dell’antica città romana, dai molti edifici religiosi disseminati nello spazio rurale del comprensorio: tra questi spiccano l’abbazia romanica di San Vincenzo al Furlo, fondata nell’VIII secolo ma rimaneggiata nelle epoche successive, l’abbazia di Santa Maria Nuova, edificata prima del XII secolo, il santuario del Pelingo, la chiesa della Madonna del Petriccio (XIV secolo) e il santuario di Santa Maria delle Stelle (1495).